למוסדותיו של הרב מאיר מאזוז מסונפים עשרות מוסדות בכל הארץ, הכוללים מעונות יום לילדים, גני ילדים, תלמודי תורה וסמינרים.
בשיחה עם מנהלי המוסדות, קרא הרב לסגור את כל מוסדות החינוך לבנות ולבנים ללא כל התחכמות. "מדובר בפיקוח נפש, שאפילו על ספק מחללים שבת" אמר לשואלים, תוך שהוא מבקש מהם לשמור גם מרחוק על התלמידים, "על אף הריחוק הפיזי, על כל מנהל וכל מחנך או מורה, לשמור על קשר חם עם התלמידים ולדאוג לרוחניותם וגשמיותם. אסור לנו להפקיר את התלמידים, גם לא בשעות אלו של הסגר, שנגזר עלינו לסגור את שערי מוסדות החינוך".
בשעות אלו, פונים נאמני ביתו לכל מנהלי המוסדות שבנשיאותו, ומדגישים כי ההוראה הינה חד משמעית, ללא יוצא מן הכלל.